超合金战记3是一款集合了RPG、射击元素的横版过关游戏，在前作的基础上加入了武器升级武器强化、人物训练、芯片获取等更多RPG元素，玩家可以在游戏中不断增强自己的实力，从而挑战更加强大的敌人。
超合金战记3延续上一代的剧情，在萨拉防御战结束之后，为了彻底的消灭人类的抵抗势力，先知集结了更为庞大的机器人军队，再次对萨拉城发动进攻。面对重兵压境，人类与北方的机器人反抗军联合，在欧洲南部战场发动了一系列的战役，成功挡住了先知的进攻，为最后的决战创造了有利条件。
在整个游戏过程中，玩家将作为超合金战队的一名普通士兵加入战斗，历经整个南部战争，最后成长为一名出色的超合金战队指挥官，并最终指挥超合金战队参与对机械的进攻。
